船长室位于枯叶市的圣安奴号船上。要进入船长室，首先需要获得船票，船票可通过完成25号道路上方的剧情获得。具体流程为：前往25号道路上方的房子，帮助正辉博士抑制皮皮变回人形，之后他会赠送船票。持有船票后，前往枯叶市下方的码头即可登上圣安奴号。
圣安奴号是一艘多层结构的船只，船长室位于顶层。进入船后，需沿右侧通道前进，避开不必要的战斗以节省时间。在二层会遇到竞争对手小茂，击败他后继续向上行进。顶层楼梯口附近有恢复点，可在此调整队伍状态。船长室位于顶层最内侧，门口有明显标识，进入后与晕船的船长对话，选择帮助他按摩背部即可获得秘传机01居合斩。
需圣安奴号在玩家获得秘传机01后会永久驶离枯叶市，因此务必在离船前探索完全部区域。船上分布着大量训练师，击败他们可获得经验值和金钱奖励。部分房间内有隐藏道具，例如1层的某位女士会免费为队伍恢复体力，合理利用这些资源能降低后续冒险的难度。
若未能一次性完成船长室剧情，可重新登船检查是否遗漏关键步骤。圣安奴号的离港机制是单向的，但游戏设计确保了玩家不会因错过剧情而卡关。获得居合斩后，即可清除挡路的小树，继续推进主线任务。这一环节是游戏流程中的重要节点，建议提前规划好队伍配置以应对船上的多属性对手。
